На сайте Минюста РФ указано, что проверка пройдет в августе 2016 года и займет 20 рабочих дней. Проверка проводится на предмет соответствия деятельности фонда закону о некоммерческих организациях.

Проверку будет проводить главное управление министерства юстиции по Москве.

12 января стало известно, что Пресненский суд Москвы отказался принять иск о защите чести и достоинства от ФБК к генеральному прокурору России Юрию Чайке и радиостанции "Эхо Москвы". Ранее аналогичные иски ФБК к Чайке и другим СМИ, распространившим заявление генпрокурора, отклонили Гагаринский и Останкинский районные суды Москвы.

Фонд борьбы с коррупцией Алексея Навального 1 декабря опубликовал фильм-расследование о бизнесе окружения Юрия Чайки, в том числе сыновей генпрокурора.

В середине декабря Чайка заявил, что расследование носит заказной характер. Заказчиком, по словам генпрокурора РФ, является Уильям Браудер и стоящие за ним иностранные спецслужбы.​